Le 23 octobre 2000, le Parlement et le Conseil européens ont adopté la directive cadre européenne sur l’eau (DCE), visant à enrayer la dégradation des milieux aquatiques continentaux et à restaurer le bon état des masses d’eau. Face à cet enjeu majeur, l’apport des scientifiques a été indispensable pour soutenir les opérateurs publics. Ce numéro de la revue Sciences Eaux & Territoires dresse un bilan des avancées significatives réalisées en vingt ans de collaboration entre la recherche française et les services de l’État sur l’évaluation de l’état des cours d’eau, plans d’eau et estuaires.Les travaux ont permis de mieux comprendre les processus écologiques et de valoriser ces connaissances à travers des publications académiques. Par ailleurs, les chercheurs ont activement collaboré avec les gestionnaires de l’eau (Office français de la biodiversité, ministère, directions régionales de l’environnement, de l’aménagement et du logement, ainsi que les agences de l’eau) pour développer des méthodes d’évaluation et des outils adaptés aux besoins. Lors du passage de ces outils à un usage opérationnel, les scientifiques ont accompagné leur mise en œuvre à travers des guides et dispositifs scientifiques tel qu’Aquaref, le laboratoire national de référence pour la surveillance des milieux aquatiques.